本会于1984年成立，名称为中国中西医结合研究会（重庆分会），重庆市直辖后更名为重庆市中西医结合学会。

第一届理事会2000年—2008年，会长吴昌培（原重庆市卫生局局长），副会长戴溱慧、周英杰、贾学海、谭昌会、雷寒、李荣亨，秘书长戴溱慧。

第二届理事会2008年—2017年，会长高丹（市中医院院长），副会长罗长坤（第三军医大学副校长）、史若飞（市急求医疗中心院长）、曹文富（重医中医药学院院长）、李荣亨（重医附一院教授），秘书长马力。

第三届理事会2017年12月至今，会长曹文富（原重庆医科大学中医药学院院长），副会长黄春基（陆军军医大学副校长）、李华（原重庆市人民医院副院长）、孙贵银（原江津中心医院院长），徐健众（重庆市中医院副院长）、刘明怀（原垫江县中医院院长），因病和其他原因，目前，学会负责人现有李华副会长一人和秘书长张亚冰。